Kelahiran dan pertumbuhan beliau Syeikh Muhammad Zainuddin di lahirkan pada tahun 1334 hijriyah, dengan begitu beliau lebih tua satu tahun dari Syeikh Muhammad Yasin al-Fadani yang lahir pada tahun 1335 hijriyah. Beliau di besarkan oleh kedua orang tuanya dan tumbuh membesar di kalangan masyarakat yang penuh dengan agama, sehingga jiwa dan raganya di serahkan untuk beribadah dan menutut ilmu semata, tidak berbeda dengan anak-anak yang lain beliau juga memasuki maktab al-Qur`an untuk belajar al-Qur`an dan tajwidnya, Pendidikkan beliau Setelah belajar dasar-dasar agama maka beliau memulai memasuki bangku sekolah secara Formal , mka beliau memasuki madrasah al-Fakhriyyah sehingga berhasil menamatkan pendidikkannya di sekolah tersebut, kemudian beliau melanjutkan pendidikkannya ke jenjang yang lebih tinggi, sekolah yang beliau pilih sebagai lanjutan pendidikkannya adalah Madrasah Solatiyyah al-Hindiyyah yang ketika itu telah banyak mencetak ulama-ulama besar, diantara ulama-ulama Indonesia yang telah berhasil menamatkan pengajiannya di Solatiyah dan menjadi ulama besar sebelum masa Syeikh al-Baweyani adalah Syeikh Hasyim Asy`ari pendiri Nahdhtul Ulama, Syeikh Musthafa Husein pendiri Pondok pesantren Musthafawiyah, dan banyak lagi. Beliau memulai memasuki bangku sekolah Madrasah Solatiyyah pada tahun 1351 hijriyah, ketika itu umur beliau masih beranjak tujuh belas tahun, tetapi kebijakkan beliau membuat beliau berhasil menghabiskan pengajiannya dengan secara singkat, sehingga pada tahun 1353 hijriyah beliau berhasil menamatkan pengajiannya. Di samping pendidikkannya secara formal, beliau juga mengikuti pendidikkan non formal di Masjid al-Haram dan di rumah-rumah ulama yang berada di Makkah, diantara pengajian yang beliau ikuti adalah pengajian Syeikh Muhammad Amin al-Kutubi, Syeikh Hasan Fad`aq, dan Syeikh Umar Hamdan al-Mahrisi, aktivitas beliau selalu di isi dengan berbagai kegiatan yang berguna untuk agamanya. Syeikh Zainuddin juga memiliki suara yang sangat merdu sehingga mampu memukau para pendengarnya, qasidah-qasidah yang beliau selalu lantunkan mampu menyerap perasaan orang, sehingga beliau selalu melantunkan qasidah memuji-muji Nabi di pengajian Syeikh Amin al-Kutubi, hal ini membuat beliau di senangi banyak orang. Pekerjaan dan kegiatan beliau Setelah Syeikh Zainuddin berhasil menamatkan pendidikkannya di Madrasah Solatiyah, maka beliau beserta Syeikh Sayyid Muhsin al-Musawa al-Palembani dan kawan-kawannya mendirikan madrasah Darul Ulum , sekolah ini merupakan madrasah pertama untuk anak-anak pendatang dari Nusantara, dan sebagai bentuk dari protes pelajar-pelajar Nusantara terhadap Madrasah Solatiyah . Di madrasah Darul Ulum ini beliau mengajar dan mendidik pelajar-pelajar yang berasal dari Indonesia, Malaysia, Fathoni, dan lain-lainya, Madrasah Darul Ulum terus berjaya mendidik dan mengeluarkan banyak ulama, di samping karena para tenaga pengajarnya yang hebat dan alim, kecemerlangan ini sampai kepada masa Syeikh Muhammad Yasin al-Fadani, yang mana banyak diantara ulama di dunia yang singgah ke Madrasah ini untuk mengambil riwayat hadis dari Syeikh al-Fadani, namun setelah Syeikh al-Fadani meninggal dunia maka madrasah ini terus di bekukkan oleh pemerintah, dan namanya hanya tinggal di dalam kitab sejarah saja. Di samping itu Syeikh Zainuddin juga mengadakan lawatan untuk berjumpa para ulama dan mengambil ijazah ammah dari mereka, diantara negara yang pernah beliau kunjungi adalah Yaman dan Indonesia, sehingga didalam perjalanan ini beliau banyak mendapat sanad-sanad yang tinggi dan faedah yang banyak. Ulama-ulama yang memberikan ijazah ammah : Syeikh Muhammad Zainuddin al-Baweyani mendapat banyak ijazah ammah dari ulama-ulama besar di dunia ini , diantara ulama-ulama yang telah memberikan ijazah ammah adalah : 1 - Syeikh Muhammad Amin al-Kutubi al-Makki. 2 - Syeikh Sayyid Ahmad al-Abutiji. 3 - Syeikh Hasan as-Sya`ir. 4 - Syeikh Muhammad Ibrahim al-Mulla. 5 - Syeikh Ibrahim bin Muhammad Khair bin Ibrahim al-Ghulayaini. 6 - Syeikh Habib Hamid bin Abdul Hadi bin Abdullah bin Umar al-Jailani . 7 - Syeikh Sayyid Muhammad bin Hadi as-Saqaf. 8 - Syeikh Muhammad Abdul Hayy al-Kattani . 9 - Syeikh Muhammad Ali bin Husein al-Maliki. 10 - Syeikh Abdul Qadir bin Taufiq al-Syalabi. 11 - Syeikh Umar Hamdan al-Mahrisi. 12 - Syeikh al-Habib Abdurrahman bin Ubaidillah as-Saqaf. 13 - Syeikh al-Habib Alawi bin Thohir al-Haddad. 14 - Syeikh al-Habib Abdullah bin Thohir al-Haddad. 15 - Syeikh Muhammad Abdul Baqi al-Ayyubi al-Laknowi. 16 - Syeikh Muhammad bin Muhammad Idris Ahyad al-Bogori. 17 - Syeikh Baqir bin Muhammad Nur al-Jogjawi. 18 - Syeikh Sayyid Alawi bin Abbas al-Maliki. 19 - Syeikh Habib Aidrus bin Salim al-Baar. 20 - Syeikh Sayyid Muhsin bin Ali al-Musawa al-Falimbani. 21 - Syeikh HUsein bin Abdullah bin Hasan bin Ahmad Aidid.... 22 - Syeikh Khalifah bin Hamad bin Musa bin Nabhan an-Nabhani al-Bahraini. 23 - Syeikh Soleh bin Muhammad bin Abdullah Idris al-Kelantani. 24 - Syeikh Ahmad bin Abdullah al-Baar. 25 - Dan lain-lain. Diantara hasil karya beliau adalah : 1 - al-Fawaidu az-Zainiyyah Ala al-Manzumati ar-Rahbiyyah. 2 - Faidhul Mannan Fi Wajibati Hamili al-Qur`an. 3 - al-Ulumu al-WAhbiyyah Fi Manazili al-Qurbiyyah. 4 - Ghayatu as-Sul Liman Yuridu al-Ushul Ila Barri al-Usul. 5- Musyahadatu al-Mahbub Fi Tathhiri al-Qawalibi Wa al-Qulub. 6 - Ghayatu al-Wadad Fima Li Haza Wujudi Mina al-Murad. Diantara murid-murid beliau adalah : 1 - Syeikh Sayyid Muhammad bin Alawi bin Abbas bin Abdul Aziz al-Maliki al-Makki, beliau mendapat ijazah Syeikh Muhammad Zainuddin al-Baweyani seminggu sebelum wafatnya beliau, setelah berulang-ulang kali meminta dan memohon akhirnya Syeikh Baweyani memberikan ijazah tersebut, Sayyid Muhammad Alawi sepertinya enggan menghembuskan nafas terakhir sebelum mendapatkan ijazah ammah dari Syeikh Baweyan, sebab sebelum wafatnya Syeikh Muhammad Alawi Maliki beliau memesankan agar murid-muridnya yang di Indonesia datang Umrah bulan Ramadhan, karena beliau telah mengetahui waktu ajalnya telah tiba pada hari yang mulai, bulan yang mulia, dan di tempat yang mulia pula. 2 - Syeikhuna Sayyid Nabil bin Hasyim Ala Ghamri as-Syafi`i al-Makki, beliau mendapatkan ijazah Syeikh Muhammad Zainuddin Baweyani sebulan sebelum kewafatan Syeikh Muhammad Zainuddin, dan Syeikh Baweyani berpesan kepada beliau : " Siapa diantara kita yang terlepas dari azab neraka maka hendaklah dia menolong temannya " . demikianlah ketawadukkan Syeikh Zainuddin, syukurlah Syeikh Muhammad Alawi dan Syeikh Nabil mendapatkan ijazah dari beliau sehingga berambung sanad kita kepada Syeikh Muhammad Zainuddin al-Baweyani al-Indonesi al-Makki. Syeikh Muhammad Zainuddin al-Baweyani al-Indonesi al-Makki meninggal dunia pada tahun 1426 hijriyyah, jenazah beliau di shalatkan di Masjid Haram Makkah dan di kuburkan di perkuburan Ma`la, semoga Allah memberikn rahmat yang luas kepadanya.