Salah seorang Tokoh Ulama penerus Pondok Pesantren Lirboyo adalah Kh.Mahrus Aly, putra dari seorang Ulama bernama Kh Aly. Lahir di Cirebon tahun 1906 , ibunya bernama Nyai Chasinah . Sejak kecil Kh Mahrus Aly hidup dalam lingkungan pesantren dan Beliau gemar menuntut ilmu terutama Ilmu Hadist dan Ilmu Nahwu shorof. Usia remaja Kh Mahrus telah hapal 1000 Bait Nadzhom Kitab Alfiyah Ibnu malik dan pernah juga melakukan debat Nahwu shorof dengan seorang Habib dari Yaman Hadro maut. Suatu ketika Kakaknya yang bernama Kh.ahmad Afifi mengadakan lomba hapalan dan pemahaman kitab Alfiyah , namun Kh Mahrus kalah dan merasa malu dengan keluarganya, hingga akhirnya Kh mahrus pergi meninggalkan rumah tanpa minta Izin kepada keluarganya, dan tentu saja membuat sedih sang ibundanya Nyai Chasinah. Maka sepanjang hari ibunya bermunajat kepada Allah agar anaknya Kh.mahrus Aly yang meninggalkan rumah dan keluarganya di jadikan ulama yang alim . Kh.Mahrus Aly menimba ilmu Pada Kh.Cholil pengasuh pondok pesantren kasingan , begitu memasuki gerbang pondok , Kh.Mahrus Aly di sambut oleh para santri yang telah berbaris , bercampur heran Kh.Mahrus tetap melangkah memasuki pondok , belakangan diketahui bahwa telah tersyiar kabar bahwa dipondok Kasingan akan kedatangan seorang Ahli hadis bernama Mahrus Aly. Sambutan yang luar biasa dari para santri tidak membuat dirinya besar kepala , beliau disamping menimba ilmu kepada Kyai juga mengajar para Santri maka tak heran bila Kh.Mahrus diangkat menjadi “Lurah Pondok” . Hampir lima tahun menimba ilmu di Pondok Kasingan kemudian Kh.Mahrus Aly minta Izin kepada gurunya untuk pulang kerumahnya . Ketika sampai dirumahnya di Gedongan Kh.Mahrus Aly lagi lagi mendapat sambutan dari para santri dan keluarganya dengan penuh penghormatan . Mereka para santri kagum akan kecerdasan Kh Mahrus Aly dalam memahami Kitab Alfiyah . Rupanya Allah memberikan Futuh (Pembuka hati & Ilmu ) berkat doa Munajat dan riyadhoh sang Ibu kepada dirinya. Tak puas dengan bekal ilmu yang dimiliki, Kh Mahrus aly meminta izin kepada ibunya untuk menimba Imu di Pesantren Lirboyo, Tahun 1936 Kh Mahrus Aly belajar di Lirboyo di bawah asuhan Kh.Abdul karim . Melihat kecerdasan yang dimiliki Kh Mahrus Aly membuat gurunya terkagum kagum dan jatuh hati pada Kh.Mahrus Aly, maka sang Guru meminta kepada Kh Mahrus Aly untuk mau menjadi mantunya. Maka tahun 1938 Kh.Mahrus Aly menikah dengan putri gurunya bernama zainab. Kh Mahrus aly sangat mencintai ilmu maka tak heran Beliau selalu berpindah pindah dari pesantren yang satu kepesantren yang lain , hal ini beliau lakukan sekedar bertabarruk kepada para ulama seperti ke Pondok pesantren tebuireng (Kh.Hasyim asyari), Pondok-Pesantren Watu congol muntilan Magelang(Kh Dalhar) pondok pesantren Langitan tuban dll. Kh.Mahrus Aly juga dikenal sebagai Ulama pejuang , beliau pernah memimpin para santri Lirboyo untuk Berjihad melawan tentara sekutu di Surabaya. H. Mahfudzseorang Komandan Peta (pembela tanah air ) yang mula-mula menyampaikan berita gembira tentang kemerdekaan Indonesia itu kepada KH. Mahrus Ali, lalu diumumkan kepada seluruh santri lirboyo dalam pertemuan diserambi masjid. Dalam pertemuan itu pula, para santri lirboyo diajak melucuti senjata Kompitai Dai Nippon yang bermarkas di Kediri (markas itu kini dikenal dengan dengan Markas Brigif 16 Brawijaya Kodam Brawijaya) . Tepat pada jam 22.00 berangkatlah para santri Lirboyo sebanyak 440 menuju ke tempat sasaran dibawah komando KH. Mahrus Aly dan Mayor H Mahfudz. Sebelum penyerbuan dimulai, seorang santri yang bernama Syafi’I Sulaiman yang pada waktu itu berusia 15 tahun menyusup ke dalam markas Dai Nippon yang dijaga ketat. Maksud tindakan itu adalah untuk mempelajari dan menaksir kekuatan lawan. Setelah penyelidikan dirasa sudah cukup, Syafi’i segera melapor kepada KH. Mahrus Ali dan Mayor H Mahfudz. Saat-saat menegangkan itu berjalan hingga pukul 01.00 dini hari dan berakhir ketika Mayor Mahfudz menerima kunci gudang senjata dari komandan Jepang yang sebelumnya telah diadakan diplomasi panjang lebar. Dalam penyerbuan itu , gema Takbir “Allohuakbar ” berkumandang menambah semangat juang para Santri , aroma Surga dan Mati syahid telah mereka rindukan, pada akhirnya penyerbuan itu sukses dengan gemilang. Selang beberapa lama, Mayor H.Mahfud melapor kemabli kepada Kh .Mahrus Aly di Lirboyo bahwa Tentara sekutu yang memboncengi Belanda telah merampas kemerdekaan dan Surabaya banjir darah pejuangan . Maka Kh.Mahrus Aly mengatakan bahwa kemerdekaan harus kita pertahankan sampai titik darah penghabisan. Kemudian KH. Mahrus Aly mengintruksikan kepada santri lirboyo untuk berjihad kemabli mengusir tentara Sekutu di Surabaya. Maka dipilihlah santri-santri yang tangguh untuk dikirim ke Surabaya untuk bergabung dengan Muhahid lainya. Dengan gagah Kh Mahrus Aly berangkat bersama dengan para santri santri Lirboyo untuk berjuang merampas kembali kemerdekaan Indonesia. Hari senin KH. Mahrus Aly berpulang kerahmatullah, Tanggal 06 Ramadlan 1405 H atau 26 Mei 1985, tepat delapan hari setelah beliau dirawat di rumah sakit di surabaya. Linangan air mata dari para santri Lirboyo melepas kepergian sang Kyiai.